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蛋白分子量
1.凝膠電泳
2.尺寸排阻柱
3.質譜

蛋白樣品純度
1.凝膠電泳
2.Western blot
3.高效液相色譜（HPLC）

蛋白穩定性
1.蛋白質展開的自由能變化△G，蛋白在液體中介于展開和折疊狀態間的平衡常數。 這兩個參數可以評估蛋白對變性條件的承受能力，比如溫度、尿素濃度。也可以用來比價兩個蛋白的穩定性。我們稱它為絕對穩定性。
2.在實際條件下的蛋白質的穩定性。 在一定條件下，蛋白質的結構和功能隨時間的變化而變化。它決定了一個活性蛋白質的半衰期。我們稱它為相對穩定性。

蛋白質聚合（一些蛋白形成低聚合物但是仍然是溶解的。因此這種聚合是肉眼不可見的）
1.尺寸排阻色譜儀
2.動態光散射（DLS）

圓二色譜測定蛋白質結構（CD）
圓二色譜是一種測定蛋白質結構的常用方法。它可以測定：
1.二級結構，特別是蛋白質中的α-螺旋結構的含量
2.蛋白質是否是被展開的
3.蛋白質的穩定性

蛋白質-配體結合和蛋白質-受體結合
我們的主要方法是熒光，包括熒光強度和熒光偏振（極化）。